自由手記

折腾fMRI或其他脑功能成像的人都知道的几个软件：SPM8、freesurfer、FSL等。只要掌握好其中一二个，基本上对付数据分析就够了。但在学习这些软件之前，第一件事就是——安装它们。

      一、SPM8（http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ ） 是由英国伦敦大学学院（University College London）开发的一个matlab工具箱，安装起来较为简单，linux，Mac和windows都能使用。从官网上找到下载页面，填完一个注册表格后就可以下载了。之后在matlab中的set path对话框中添加解压出的目录路径即可。在matlab命令窗口中输入spm fmri即可打开用户界面，spm_update可用来检查更新。

      二、freesurfer（http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/ ）是一个在linux和Mac下运行的功能成像数据分析软件（参与开发维护的单位比较多，不一一列举了），必须有一个运行linux或Mac的主机或是在windows中用虚拟机软件运行一个linux系统。官方wiki上用的是centOS，同时还有一个已安装好freesurfer的virtualbox vdi文件（一个比较老的Xubuntu系统）可供下载。我是在virtualbox中安装了openSUSE 12.2 64-bit后再下载源文件安装的。

      freesurfer的安装也是比较简单直接的。见http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall和http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/SetupConfiguration ，记住之前需要注册以通过邮件得到一个license，需要这个license里的内容创建一个license文件。

      建议安装默认路径：/usr/local/freesurfer/

      有一点需要注意，virtualbox中不需要开启3D加速，开启了反而会让freesurfer某些显示不正常。

      另外，freesurfer还提供一个sample data的下载（10多G，见http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Data ），页面上说最好下载在$FREESURFER_HOME/subjects/下，实际上也可以下载在其他地方，见http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/SetupConfiguration。这时需要进入tcsh终端用setenv命令修改一下环境变量SUBJECTSDIR，之后cd进入新的subjects目录，不必退出tcsh。使用VirtualBox的同学需要注意，共享文件夹似乎不能作为SUBJECTS_DIR，会造成"Assertion failed in line 827"的错误。

      可以参照这个页面（http://pkgs.org/opensuse-12.2/nvidia-x86_64/nvidia-computeG02-304.64-22.1.x86_64.rpm.html）安装一个包，如果需要在recon-all中使用-use-cuda子命令。但是好像在虚拟机下无法使用……

      三、FSL（http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/ ），是牛津大学的一个实验室开发的，也是在linux或Mac下运行的软件。安装起来比freesurfer稍微麻烦一点。

      在这个页面（http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsldownloadmain.html ）填写好信息表格就可以下载一个python脚本然后通过此脚本自行安装。但是openSUSE不是这个脚本支持的linux发行版，于是找到下面的预编译文件开始下载，我下载的是最近的centOS6-64bit文件，另外还下了测试数据。

      把下载的.tar.gz文件解压到/usr/local/，会在其下生成/fsl目录，http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/ShellSetup里提到需要在.bash_profile文件里写入几行，openSUSE里是.bashrc。我一开始把这几行复制进去后发现打开终端（bash）会有一些错误信息，于是把这几行注释掉。再打开终端，发现在freesurfer的提示信息后出现了一行新的FSL_DIR=/usr/local/fsl/，不知道是不是先装的freesurfer会自动识别默认安装在/usr/local/的FSL。http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/feeds/doc/index.html 这个页面讲了怎样用测试数据测试FSL是否运行正常。

      另外，在终端输入fslview会提示找不到libpng的包，安装一下就行了。

      最后，在virtualbox中使用共享文件夹的同学需要注意，加载共享文件夹需要为su权限，但加载之后最好返回普通用户权限进行复制等操作，这样复制的文件或目录的所属者均是普通用户而非su，如果是su的话有时会带来麻烦。

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